Direktorja inštituta imenuje in razrešuje ustanovitelj na predlog ministra, pristojnega za vode.
Direktor inštituta je imenovan na podlagi javnega razpisa po predhodnem mnenju sveta zavoda. Javni razpis izvede ministrstvo, pristojno za vode.
Če se na javni razpis nihče ni prijavil ali če nihče od prijavljenih kandidatov ni bil izbran, se javni razpis ponovi. Za čas do imenovanja direktorja na podlagi ponovljenega javnega razpisa ustanovitelj imenuje vršilca dolžnosti direktorja, vendar najdlje za eno leto.