Inštitut na podlagi zakona, ki ureja vode, opravlja nalogi:
Podrobnejša opredelitev in predvideni obseg nalog iz prejšnjega odstavka se določijo v letnem programu dela inštituta, ki ga pripravi ministrstvo, pristojno za vode.
Inštitut lahko opravlja tudi tržne dejavnosti za druge naročnike v obsegu, ki ne ovira izvajanja nalog inštituta, če so te dejavnosti skladne z nameni, zaradi katerih je inštitut ustanovljen in če omogočajo smotrnejšo ter gospodarnejšo izrabo delovnih sredstev inštituta.