Naloga komisije je proučevanje in obravnava vprašanj s področja medicinske etike in deontologije ter dajanje mnenj in pojasnil o posamičnih vprašanjih s tega področja.
Komisija na predlog ministra, Zdravstvenega sveta, zbornic, zdravstvenih zavodov in posameznikov preučuje in daje mnenja o etičnih in deontoloških vprašanjih izvajanja zdravstvene dejavnosti, zlasti v zvezi s pravicami posameznika in njegovo varnostjo med zdravljenjem ali v raziskavi na ljudeh, varovanjem poklicne skrivnosti in osebnih podatkov bolnikov ter zdravstvenih delavcev in zdravstvenih sodelavcev.
Po pooblastilu ministra lahko komisija opravlja tudi druge svetovalne naloge s širšega področja medicinsko etičnih vprašanj.