Muzej opravlja svet muzeja, ki ga sestavljajo:
-
predstavnika ustanovitelja (dva člana), ki ju imenuje Vlada Republike Slovenije na predlog Ministrstva za kulturo in Ministrstva za okolje in prostor,
-
predstavnika delavcev (dva člana) ter
-
predstavnika uporabnikov oziroma zainteresirane javnosti (dva člana), pri čemer enega imenuje Univerza v Ljubljani, drugega pa Univerza v Mariboru.
Način izvolitve predstavnikov delavcev določi statut muzeja.
Mandat članov sveta muzeja traja pet let.