Pri odločanju v upravnih zadevah iz občinske pristojnosti nastopa skupna uprava kot organ tiste občine soustanoviteljice, v katere krajevno pristojnost zadeva spada.
Skupna uprava mora pri izvrševanju svojih nalog ravnati po usmeritvah župana in direktorja občinske uprave občine soustanoviteljice, v katere krajevno pristojnost zadeva spada oziroma, za katero izvršuje nalogo.
O izločitvi zaposlenega v skupni upravi odloča direktor občinske uprave, v katere krajevno pristojnost zadeva spada. V primeru izločitve vodje skupne uprave o stvari odloči njegov namestnik, če pa namestnika ni ali če je izločen tudi on, pa o stvari odloči direktor občinske uprave.
Za škodo, povzročeno z nezakonitim delom zaposlenega v skupni upravi, odgovarjajo občine soustanoviteljice solidarno.