V okviru zavoda delujejo naslednje organizacijske enote:
Osnovno poslanstvo zavoda v okviru organizacijske enote Kranjska hiša je opravljanje javne službe na področjih turizma in kulture. Njegova naloga je organiziranje, spodbujanje in izvajanje turistične in kulturne dejavnosti, regionalno povezovanje na področju turizma in kulture, organiziranje in posredovanje kulturnih in drugih javnih prireditev v sodelovanju z ustanoviteljem in drugimi javnimi in zasebnimi partnerji, izvajanje projektov mestnega marketinga in upravljanje z dediščino in spomeniki lokalnega pomena ter objekti, ki jih je nanj prenesel ustanovitelj.
Galerija Prešernovih nagrajencev za likovno umetnost izvaja svoje poslanstvo na področju likovne dediščine: proučuje, hrani, promovira in predstavlja dela najvidnejših slovenskih likovnih ustvarjalcev, dobitnikov in nominirancev Prešernove nagrade in nagrade Prešernovega sklada. Lastnik zbirke umetniških del Galerije Prešernovih nagrajencev za likovno umetnost je ustanovitelj, z njo pa upravlja Galerija Prešernovih nagrajencev za likovno umetnost. Program Galerije Prešernovih nagrajencev za likovno umetnost sprejema programski svet, ki ga na predlog uprave ustanovitelja imenuje župan za mandat 5 let. Programski svet sestavljajo predstavnik ustanovitelja, predstavnik zainteresirane javnosti, predstavnik ministrstva pristojnega za področje kulture, predstavnik nacionalne ali regionalne inštitucije s področja muzejske ali galerijske dejavnosti, predstavnik Upravnega odbora Prešernovega sklada in predstavnik dobitnikov Prešernove nagrade ali dobitnikov nagrade Prešernovega sklada.
Vodjo galerije imenuje direktor zavoda, ki z njim sklene pogodbo o izvajanju programa.
Osnovno poslanstvo zavoda v organizacijski enoti Letno gledališče Khislstein je upravljanje z objektom in izvajanje kakovostnih prireditev družabnega, kulturnega in umetniškega značaja s področja glasbene, gledališke, plesne in drugih dejavnosti ter upravljanje z gostinskim objektom.
Podrobnejše delovanje notranjih organizacijskih enot določi direktor zavoda v aktu o organizaciji dela.