Organizacijske enote se organizirajo tako, da omogočajo učinkovito izvajanje študijskih programov, drugih dejavnosti VŠZNJ in projektov VŠZNJ. Organizacijske enote se ustanovijo z namenom hitrega prilagajanje razvojnim zahtevam.
Organizacijske enote VŠZNJ so:
-
oddelki,
-
katedre,
-
inštituti,
-
tajništvo-dekanat,
-
knjižnica,
-
centri.