Ministrstvo izvaja nadzor nad porabo subvencije v skladu s predpisi za nadziranje namenskosti porabe proračunskih sredstev ter z udeležbo v nadzornih organih infrastrukturnega razvojnega centra, kar se določi s pogodbo o dodelitvi subvencije.
Če se sredstva uporabljajo nenamensko, ministrstvo prekine izplačevanje sredstev in odstopi od pogodbe ter zahteva vrnitev vseh že izplačanih sredstev v realni vrednosti, vključno z zakonitimi zamudnimi obrestmi.
Če pride pri izvajanju projekta do odstopanj od projektne dokumentacije, je prejemnik subvencije dolžan v roku 15 dni o teh spremembah obvesti odgovorno osebo ministrstva, sicer se šteje, da se sredstva uporabljajo nenamensko.
V pogodbi o subvencioniranju infrastrukturnega razvojnega centra je določena tudi obveznost prejemnika subvencije, da podaja redna poročilo o izvajanju projekta s posebnim poudarkom na stimulativnih učinkih, ki jih ima dodeljena subvencija.