Arboretum Volčji Potok je bil ustanovljen leta 1952 z odločbo Sveta za prosveto in kulturo LRS, št. 2465/19 z dne 24. 6. 1952 kot gospodarska ustanova s samostojnim financiranjem. Leta 1954 je na podlagi odločbe o razglasitvi Arboretuma Volčji Potok za finančno samostojen zavod (Uradni list LRS, št. 30/54) prešel na poslovanje kot finančno samostojen zavod, ki opravlja znanstveno, informativno in kulturnoprosvetno delo.
Zavod je pravni naslednik Arboretuma Volčji Potok, p.o., Radomlje, ki je s 1. 4. 1991 v skladu z 62. in 64. členom zakona o zavodih (Uradni list RS, št. 12/91, 45/94 – odločba US in 8/96) nadaljeval z delom kot javni zavod.