Organ upravljanja je svet zavoda.
Svet zavoda šteje devet članov, od katerih:
-
tri člane imenuje Vlada Republike Slovenije, in sicer po enega na predlog ministra, pristojnega za kulturo, ministra, pristojnega za okolje in prostor ter ministra, pristojnega za šolstvo in šport,
-
tri člane izvolijo delavci zavoda s tajnim glasovanjem,
-
iz vrst uporabnikov oziroma zainteresirane javnosti pa imenujejo po enega člana: Občina Kamnik, Občina Domžale in Biotehniška fakulteta Univerze v Ljubljani.
Mandat članov sveta traja pet let; po poteku mandata so lahko izvoljeni oziroma imenovani še za eno mandatno obdobje.
Predsednika sveta zavoda imenuje svet zavoda izmed predstavnikov ustanovitelja.
Svet zavoda sklepa veljavno, če je na seji sveta navzoča večina članov sveta.
Svet zavoda sprejema odločitve z večino glasov navzočih članov, razen statuta in programov razvoja in varstva arboretuma, ki se sprejemajo z večino glasov vseh članov sveta zavoda.
Postopek izvolitve članov sveta zavoda iz vrst delavcev, natančneje ureja statut zavoda.