Strokovni organ zavoda je strokovni svet.
Strokovni svet sestavlja sedem članov, ki jih imenuje svet zavoda in sicer:
Strokovni svet obravnava strokovna vprašanja s področja dela zavoda, odloča o strokovnih vprašanjih v zvezi z vzdrževanjem arboretuma, določa strokovne podlage za programe razvoja in varstva in za prostorsko urejanje arboretuma.
Način imenovanja in trajanje mandata članov ter naloge strokovnega sveta natančneje določi statut zavoda.