V živalskem semenu ne sme biti patogenih mikroorganizmov.
V bikovem semenu ne sme biti povzročiteljev bruceloze, infekcioznega bovinega rinotraheitisa in infekcioznega pustularnega vulvovaginitisa, goveje virusne diareje-mukozne bolezni, goveje genitalne kampilobakterioze in trihomonijaze.
V merjaščevem semenu ne sme biti povzročiteljev bruceloze, bolezni Aujeszkega, leptospiroze in virusnega vnetja želodca in črevesja pri prašičih.
V žrebčevem semenu ne sme biti povzročiteljev konjskega arteritisa in infekcioznega metritisa kopitarjev.
V ovnovem in kozlovem semenu ne sme biti povzročiteljev bruceloze (Brucella melitensis, pri ovnu pa še Brucella ovis).
Za higiensko neustrezno živalsko seme (glede na čistočo) velja tisto, ki je onesnaženo s tujimi primesmi (dlaka, urin, žaganje, eritrociti, kri, delci stelje).