Direktor je lahko razrešen pred potekom mandata.
Poleg razlogov, določenih v predpisih o javnih zavodih, se lahko direktorja predčasno razreši tudi zaradi bistvenih sprememb, kot sta bistveno spremenjena dejavnost, zaradi katere je zavod ustanovljen, ali zaradi prenosa ustanoviteljstva. V tem primeru se smiselno uporabljajo določbe, ki urejajo predčasno razrešitev iz ostalih razlogov.
Minister mora pred sprejetjem sklepa o razrešitvi pridobiti predhodno mnenje sveta in seznaniti direktorja o razlogih za razrešitev. Direktor ima možnost, da se v roku 30 dni izjavi o razlogih za razrešitev.
Če svet ne da mnenja v roku 30 dni, se šteje, da se z razrešitvijo strinja.