Upravni odbor sestavljajo predsednik skupščine, predsednik odbora skupščine za osnovno zdravstveno dejavnost in dva člana, od katerih je eden predsednik odbora za zobozdravstveno dejavnost, drugega pa imenuje odbor za osnovno zdravstveno dejavnost, predsednik odbora skupščine za bolnišnično zdravstveno dejavnost in dva člana, od katerih je eden predsednik odbora za psihiatrično bolnišnično dejavnost, drugega pa imenuje odbor za bolnišnično zdravstveno dejavnost, predsednik odbora skupščine za dejavnost socialne medicine, higiene, epidemiologije in medicinske ekologije in 1 član, ki ga ta odbor imenuje.
Pri delu upravnega odbora so dolžni kot strokovni delavci sodelovati direktor združenja, predsedniki ekonomske komisije, pravne komisije in zdravstvene komisije.
Predsednika in namestnika upravnega odbora izvolijo člani upravnega odbora na prvi seji.
Mandatna doba članov upravnega odbora traja 4 leta in se pokriva z mandatno dobo skupščine združenja.