Vodna knjiga se vodi za celotno območje SR Slovenije, po vodnih območjih Mure, Drave, Save, Soče in obalnega morja s pritoki v okviru posameznih vodnih območij se vodi vodna knjiga po naslednjih podvodjih ali delih povodij:
A. na vodnem območju Mure:
1.
Mejna Mura, na odseku, ki meji z Avstrijo, vključno s pritokom Kučnica
2.
Notranja Mura, od Kučnice do meje z Madžarsko
3.
Ledava s Krko na območju SR Slovenije in Kobiljskim potokom
B. na vodnem območju Drave:
1.
Drava 1, od državne meje pri Viču do jezu v Melju (Maribor)
2.
Drava 2, od jezu v Melju do meje s SR Hrvaško pod Središčem
C. na vodnem območju Save:
3.
Sava 1, od Radovljice do Medvod
4.
Sava 2, od Medvod do Zidanega mosta
5.
Sava 3, od Zidanega mosta do Bregane
D. na vodnem območju Soče:
1.
Soča, z mejnimi vodotoki (Učeja, Nadiža, Reka, Idrija)
E. na vodnem območju obalnega morja s pritoki:
2.
območje ostalih direktnih pritokov Jadranskega morja v SR Sloveniji (Dragonja, Badaševica, Rižana, Ospska Reka)