Postopno uvajanje programa 9-letne osnovne šole poteka v obdobju od šolskega leta 1999/2000 do šolskega leta 2008/2009.
V šolskem letu 1999/2000 začne izvajati program 1. razreda 9-letne osnovne šole za šestletne učence (v nadaljnjem besedilu: program 1. razreda) in program 7. razreda 9-letne osnovne šole za učence 6. razreda 8-letne osnovne šole (v nadaljnjem besedilu: program 7. razreda) največ 10% od skupnega števila 444 osnovnih šol, kolikor jih je v Republiki Sloveniji v šol. letu 1997/98 (v nadaljnjem besedilu: skupnega števila), ki izpolnjujejo pogoje za izvajanje programa 9-letne osnovne šole v skladu s to odredbo in imajo dovoljenje ministra, pristojnega za šolstvo in šport (v nadaljnjem besedilu: ministra). Šole, ki začnejo izvajati program 9-letne osnovne šole v šolskem letu 1999/2000, so vključene v poskusno uvajanje programa 9-letne osnovne šole.
V šolskem letu 2000/2001 začne izvajati program 1. in 7. razreda še največ 20% osnovnih šol od skupnega števila, ki izpolnjujejo pogoje v skladu s to odredbo in imajo dovoljenje ministra.
V šolskem letu 2001/2002 začne izvajati program 1. in 7. razreda še največ 30% osnovnih šol od skupnega števila, ki izpolnjujejo pogoje v skladu s to odredbo in imajo dovoljenje ministra.
V šolskem letu 2002/2003 začnejo izvajati program 1. in 7. razreda še vse tiste osnovne šole, ki izpolnjujejo pogoje v skladu s to odredbo in imajo dovoljenje ministra.
Šole, ki začnejo izvajati program 9-letne osnovne šole v skladu z določili drugega, tretjega in četrtega odstavka tega člena, lahko začnejo z izvajanjem programa samo 1. razreda ali samo 7. razreda. Hkratna uvedba programov obeh razredov ni obvezna.
V šolskem letu 2003/2004 začnejo obvezno izvajati program 1. in 7. razreda še v vse preostale šole v Republiki Sloveniji.
Osnovne šole, ki začnejo izvajati program 9-letne osnovne šole v šolskem letu 1999/2000, 2000/2001, 2001/2002 in 2002/2003, lahko prenehajo izvajati ta program le na podlagi odredbe o prenehanju uvajanja programa, ki jo izda minister v skladu s četrtim odstavkom 20. člena zakona o organizaciji in financiranju vzgoje in izobraževanja.
Sočasno z uvajanjem programa 9-letne osnovne šole se izteka program 8-letne osnovne šole, in sicer do šolskega leta 2008/2009, ko se program 9-letne osnovne šole začne izvajati v vseh razredih in vseh oddelkih osnovnih šol v Republiki Sloveniji.