Seje Senata sklicuje in vodi Dekan, ki je član Senata po položaju. V njegovi odsotnosti vodi sejo eden od prodekanov, ki ga za vodenje seje pooblasti dekan FZJ.
Senat odloča na sejah, ki so sklicane najmanj enkrat mesečno in vsaj desetkrat na leto, po vnaprej določenem načrtu sej za študijsko leto. Sklic seje Senata izven načrtovanih terminov lahko predlaga 1/3 članov Senata, Upravni odbor, Dekan in Študentski svet.
Seje so sklepčne, če je navzoča večina voljenih članov Senata. Senat odloča z javnim glasovanjem razen, če s posebnim sklepom ne odloči drugače.
Na sejah Senata lahko sodelujejo brez pravice glasovanja tudi:
-
predstojniki kateder, ki niso člani Senata,
-
predsednik Akademskega zbora, če ni član Senata.
Senat sprejema sklepe z večino glasov navzočih članov Senata s pravico glasovanja, razen če ni drugače določeno. Za svoje delo sprejme Senat poslovnik.
Senat FZJ lahko s sklepom sejo ali del seje Senata zapre za javnost.