Delo inštituta vodi predstojnik, ki ga imenuje Senat FZJ na predlog Dekana FZJ za dobo dveh let. Predstojnik inštituta mora imeti doktorat znanosti. Za svoje delo je odgovoren Dekanu. Predstojnik inštituta je lahko ponovno imenovan. Delo inštitutov usklajuje prodekan za raziskovanje in razvoj.
Predstojnika inštituta lahko Dekan razreši predčasno, če ne želi več opravljati funkcije, če ne more več opravljati funkcije ali če ne opravlja funkcije.
S sklepom o ustanovitvi inštituta se določi namen njegove ustanovitve. Inštitut ukine Senat na predlog Dekana, če ugotovi, da ni več pogojev za delo inštituta.
Znanstveno-raziskovalna in razvojna dejavnost posameznega inštituta je stroškovno ločena od ostalih dejavnosti FZJ.