Ustanovitelj ima v razmerju do FZJ naslednje pravice:
-
spremlja skladnost porabe sredstev, ki jih pridobi FZJ z letnimi programi in finančnimi načrti,
-
daje soglasje k programu dela in k finančnemu načrtu,
-
daje soglasje k aktu o sistemizaciji FZJ,
-
do obveščenosti o celotnem postopku izvolitve Dekana pred dokončno izvolitvijo,
-
daje soglasje k statutu, vendar lahko soglasje odreče samo v primeru, če statut ni v skladu z ustanovitvenim aktom in z zakonodajo, ki ureja delovanje FZJ,
-
opravlja druge zadeve v skladu z zakonom, ustanovitvenim aktom in drugimi predpisi.