V okviru FZJ se oblikujejo organizacijske enote, ki tvorijo organizacijsko strukturo FZJ.
Senat FZJ lahko na predlog Dekana organizacijsko enoto ustanovi ali ustanovljeno enoto spremeni, ali pa sklene, da organizacijska enota preneha delovati. Za ustanovitev, spremembo ali ukinitev organizacijske enote, katere dejavnost je neposredno vezana na študijsko in znanstveno-raziskovalno dejavnost FZJ, je potrebna večina glasov navzočih članov Senata FZJ.
Organizacijske enote niso pravne osebe in nimajo pooblastil v pravnem prometu.