Visokošolski zavod upravlja Upravni odbor, ki ga sestavlja 8 članov. Upravni odbor sestavljajo:
-
4 predstavniki ustanovitelja,
-
2 predstavnika delavcev, ki opravljajo visokošolsko dejavnost in sta zaposlena na FZJ,
-
1 predstavnik študentov,
-
1 predstavnik nepedagoških delavcev visokošolskega zavoda, ki je zaposlen na FZJ.
Mandatna doba članov upravnega odbora s strani ustanovitelja je 4 leta, s strani predstavnikov visokošolskega zavoda 2 leti in s strani študentov 2 leti z možnostjo ponovnega imenovanja.
Na seje Upravnega odbora sta vabljena Dekan in glavni tajnik šole. O sejah upravnega odbora se piše zapisnik, ki ga podpiše predsednik upravnega odbora.