Oddelek vodi predstojnik, ki ga imenuje Dekan na svoj predlog ali na predlog članov oddelka.
Mandatna doba predstojnika oddelka je praviloma dve leti z možnostjo ponovnega imenovanja. Predstojnika oddelka lahko Dekan razreši predčasno, če ne želi več opravljati funkcije, če ne more več opravljati funkcije ali če ne opravlja funkcije.
Predstojnik oddelka skrbi za realizacijo nalog oddelka in je za delo odgovoren Dekanu. Delo oddelkov, ki so ustanovljeni na področju študijske dejavnosti, usklajuje prodekan za izobraževanje, delo oddelkov na področju raziskovalne in razvojne dejavnosti usklajuje prodekan za raziskovanje in razvoj, delo oddelkov na področju upravne dejavnosti usklajuje tajnik FZJ.