Na predlog strokovne komisije izvaja delitev in nadzor uporabe CEMT dovolilnic krovna komisija, ki jo za dobo enega leta imenuje minister, pristojen za promet. Sestavljena je iz treh predstavnikov Ministrstva za promet in zveze, enega predstavnika Gospodarske zbornice Slovenije in enega predstavnika Obrtne zbornice Slovenije.
Komisija preuči upravičenost ponovne dodelitve CEMT dovolilnice prevozniku, ki je prijavil izgubo ali krajo CEMT dovolilnice. Ministrstvo, pristojno za promet, o zamenjavi CEMT dovolilnice obvesti sekretariat CEMT.