Podiplomski študij je lahko organiziran pri članici, ki je visokošolski zavod, oziroma na podiplomski šoli univerze. Podiplomski interdisciplinarni študijski programi oziroma podiplomski študijski programi, ki jih sooblikuje več članic univerze ter skupni podiplomski študijski programi, so lahko organizirani na podiplomski šoli univerze.
Izvedbo in organiziranje podiplomskih študijskih programov, organiziranih na podiplomski šoli univerze, podrobneje določa pravilnik, ki ureja organiziranost in izvedbo izobraževalnega dela na univerzi.