Zavod je pravni naslednik Gorenjskega muzeja Kranj, ki je vpisan v sodni register Okrožnega sodišča v Kranju, št. reg. vložka 829/00. Muzej je nastal 7. februarja 1963 z združitvijo leta 1953 ustanovljenega Mestnega muzeja v Kranju in Muzeja revolucije. Slednji je bil ob dvajseti obletnici vstaje leta 1961 preimenovani naslednik Pokrajinskega muzeja za Gorenjsko v Kranju, 22. junija 1957 ga je ustanovil Okrajni ljudski odbor Kranj. Za delovanje so bili novemu muzeju dodeljene Mestna hiša na Glavnem trgu, baročni dvorec na Tavčarjevi ulici in Prešernova hiša v Kranju. Do zadnje večje spremembe je prišlo ob vračilu osrednje muzejske stavbe na Tavčarjevi prvotnim lastnikom, tako da je imel muzej od leta 1993 svoj sedež, upravne in delovne prostore v gradu Khislstein na Tomšičevi 44 v Kranju. V letu 2008 se je muzej preselil na lokacijo Savska cesta 34, Kranj.
Vstopite v TFL 