Predsednika zbornice voli skupščina na neposrednih in tajnih volitvah. Za to mesto lahko kandidira vsak član zbornice oziroma predstavnik člana zbornice, ki je magister farmacije z licenco, in aktualni profesionalni predsednik, če gre za ponovno kandidaturo.
Predsednik zbornice opravlja svojo funkcijo profesionalno ali neprofesionalno. O tem sprejme pred razpisom za novega predsednika ustrezen sklep izvršni odbor.
Izvoljen je kandidat, ki je dobil največje število glasov. Če je kandidat en sam, je veljavno izvoljen, če prejme najmanj polovico prisotnih glasov predstavnikov.
Funkcija predsednika zbornice ni združljiva s funkcijami v organih političnih strank. Predsednik zbornice mora to potrditi s pisno izjavo.
Predsednik za svoje delo odgovarja skupščini zbornice.