Zbornica ima stalne in občasne komisije kot svoja delovna telesa.
Stalne komisije zbornice so: komisija za farmacevtska vprašanja, komisija za izobraževanje in komisija za ekonomska vprašanja. Izvršni odbor lahko imenuje tudi druge komisije in delovne skupine za reševanje posameznih strokovnih vprašanj.
Izvršni odbor imenuje člane komisije za izvajanje strokovnega nadzora s svetovanjem in komisije za opravljanje preskusa strokovne usposobljenosti.
Predsednika in člane komisij imenuje izvršni odbor.
Komisije morajo biti sestavljene iz predstavnikov vseh področij lekarniške dejavnosti.
Število članov posamezne komisije določi izvršni odbor.