Zavod samostojno gospodari s prihodki, ki jih ustvari s povračilom za storitve, ki jih opravlja, ter z drugimi lastnimi prihodki.
Zavod ločeno izkazuje prihodke in odhodke ločeno za vsako organizacijsko enoto, pri čemer mora zagotavljati preglednost svoje finančne in organizacijske strukture tako, da vodi ločene računovodske evidence za posamezno enoto. Način vodenja računovodskih evidenc in poslovnih knjig se določi z aktom o knjigovodstvu, finančnem poslovanju in drugih zadevah materialno finančnega poslovanja zavoda.
Sredstva, ki jih zavod prejme kot nadomestilo za izvajanje javne službe posamezne organizacijske enote, se ne smejo uporabiti za financiranje drugih dejavnosti.