Zavod upravlja z objekti, ki predstavljajo javno infrastrukturo na področju kulture, in tudi z drugimi objekti, ki jih prenese v upravljanje zavodu tista občina (na območju delovanja zavoda), ki je lastnica nepremičnine. Le-te so:
v lasti Občine Piran:
v lasti Mestne občine Koper:
Občina Piran in Mestna občina Koper bosta sklenili pogodbo, s katero bosta medsebojno podrobneje uredili razmerja v zvezi s premoženjem v upravljanju zavoda.
Razmerje med zavodom in lastniki glede uporabe nepremičnega premoženja se prav tako uredijo s pogodbo.
Zavod upravlja tudi z vso opremo, ki je v teh prostorih in z inventariziranimi predmeti likovne umetnosti.
Zavod upravlja ali uporablja tudi druge nepremičnine s soglasjem župana.