Institut je za izvajanje nalog organiziran tako, da dosega čim večjo strokovno in znanstveno uspešnost, upoštevajoč pri tem zahteve stroke, cilje, velikost in obseg raziskovalne dejavnosti ter človeške in materialne možnosti družbe.
Organiziranost Instituta se določi s statutom oziroma pravili o organiziranosti Instituta. Dejavnosti, ki jih je do pripojitve izvajal ITPO kot samostojni zavod, se od pripojitve dalje izvajajo znotraj posebne organizacijske enote v Institutu, v katero se vključi vse delavce bivšega ITPO.
V okviru svoje dejavnosti lahko za potrebe prenosa znanja in tehnologij Institut s soglasjem ustanovitelja v skladu z zakonodajo ustanovi drug zavod.
Zavodi, ustanovljeni na način, določen s tem odlokom, opravljajo svojo dejavnost v okviru tehnološkega parka Instituta oziroma v drugi primerni organizacijski povezanosti z Institutom.