Varnostni organ preprečuje in odkriva kazniva dejanja v upravnih organih, pristojnih za obrambne zadeve, in v Teritorialni obrambi samostojno ter v sodelovanju z organi za notranje zadeve in opravlja druga opravila v zvezi s tem na zahtevo pravosodnih organov ter v skladu s svojimi pooblastili.
Če delavci ali starešine v rezervni sestavi varnostnega organa pri delu odkrijejo kaznivo dejanje, ki ga je storila oseba izven upravnih organov, pristojnih za obrambne zadeve, ali Teritorialne obrambe, o tem takoj obvestijo pristojni organ za notranje zadeve in mu nudijo strokovno pomoč v skladu s svojimi pristojnostmi.
Varnostni organ Ministrstva za obrambo zaprosi pristojni organ za notranje zadeve za strokovno pomoč zlasti za opravljanje kriminalističnih opravil, če jih ne more opraviti sam.