Poveljnik enote vojaške policije pri Republiškem štabu za teritorialno obrambo je odgovoren za svoje delo načelniku Republiškega štaba za teritorialno obrambo, poveljnik enote vojaške policije v pokrajinskem štabu za teritorialno obrambo poveljniku teritorialne obrambe pokrajine in poveljnik enote vojaške policije pri območnemu štabu za teritorialno obrambo poveljniku teritorialne obrambe območja. Poveljnik vojaške policije pri določeni enoti teritorialne obrambe je za svoje delo odgovoren poveljniku te enote.
Strokovno delo vojaške policije usmerja varnostni organ Ministrstva za obrambo, ki usklajuje tudi njeno delo z organi za notranje zadeve. Strokovne usmeritve varnostnega organa so za poveljnike enot vojaške policije obvezne.