Varnostni organ Ministrstva za obrambo organizira, vodi in usmerja ter usklajuje opravljanje varnostnih zadev v Teritorialni obrambi, upravnih organih, pristojnih za obrambne zadeve, ter usmerja in usklajuje delo vojaške policije.
Uprava Ministrstva za obrambo, pristojna za varnostne zadeve, daje organizacijskim enotam varnostnega organa v enotah, štabih in zavodih Teritorialne obrambe obvezna navodila in usmeritve za opravljanje protiobveščevalnih nalog, preprečevanje in odkrivanje kaznivih dejanj, ki se preganjajo po uradni dolžnosti, nalog vojaške policije in drugih strokovno varnostnih nalog ter usklajuje strokovno delo pri njihovem izvajanju.
Z obveznimi navodili in usmeritvami iz prejšnjega odstavka mora biti seznanjen tudi poveljnik enote, štaba ali zavoda teritorialne obrambe, v katerem organizacijska enota varnostnega organa deluje.
Varnostni organ Ministrstva za obrambo pri opravljanju nalog iz drugega odstavka tega člena sodeluje in svoje delo usklajuje z organi za notranje zadeve v skladu z zakonom.