Skupno organizacijsko enoto univerze ustanovi senat univerze na predlog vodstva ali članic univerze.
Skupno organizacijsko enoto univerze vodi predstojnik, ki ga imenuje rektor na predlog članic. Ostala notranje organizacijska pravila in delovanje skupnih organizacijskih enot določi senat univerze s sklepom o ustanovitvi.
Skupne organizacijske enote univerze so Doktorska šola Univerze v Ljubljani, Knjižnica Univerze v Ljubljani in Mreža raziskovalnih infrastrukturnih centrov Univerze v Ljubljani. Skupna organizacijska enota univerze je tudi druga organizacijska enota, ki jo ustanovi univerza.
Za usklajevanje dela med skupnimi organizacijskimi enotami in senatom univerze ter članicami univerze skrbi komisija senata. Skupna organizacijska enota univerze ima lahko tudi druga delovna telesa, v katerih lahko sodelujejo tudi predstavniki zunanjih organizacij, ki so vključene v izvajanje nalog te enote.