Za izvajanje dejavnosti v okviru nacionalnih programov pridobiva univerza sredstva iz proračuna Republike Slovenije, iz evropskih in drugih mednarodnih sodelovanj ter projektov.
Dejavnost univerze se financira tudi iz:
Način določanja šolnin, vrste prispevkov in postopek sprejemanja cenika šolnin in prispevkov se opredeli v pravilniku univerze.
Za drugo (tržno) dejavnost se šteje izobraževalna, raziskovalna in strokovno razvojna dejavnost, za katero se sredstva ustvarijo na trgu s prodajo blaga in storitev v pogojih konkurence. Kadar univerza ali članica opravlja drugo (tržno) dejavnost mora voditi za tržno dejavnost ločene računovodske evidence.
Skupne naloge univerze se financirajo iz proračunskih sredstev Republike Slovenije za študijsko dejavnost in iz nadomestila članic. Nadomestilo članice določi upravni odbor univerze, pri čemer upošteva celotni prihodek članic in druge osnove, ki so določene s pravili.