Koncesionar plačuje za koncesijo enkrat letno znesek, izračunan na podlagi bruto potenciala vodotoka izraženega v kW. Letno plačilo za koncesijo je enako povprečni vrednosti 120 kWh realizirane oddaje energije malih hidroelektrarn v slovenski elektroenergetski sistem v preteklem letu na en kW bruto potenciala vodotoka iz 1. člena te uredbe in se začne računati z dnem začetka oddajanja električne energije v omrežje.
Za čas, ko koncesionar ne more uporabljati vode za proizvodnjo električne energije zaradi višje sile (suša, poplava, potres, zemeljski plaz, močan veter, ipd.) se letno plačilo za koncesijo zmanjša. Način določanja zmanjševanja plačila se uredi v koncesijski pogodbi.
Plačilo za koncesijo se med Republiko Slovenijo in lokalno skupnostjo, na območju katere je elektrarna, razdeli v razmerju 40:60 v korist lokalne skupnosti, razen na demografsko ogroženih območjih, kjer je to razmerje 20:80 v korist lokalne skupnosti.
V primeru, da leži območje koncesije v več lokalnih skupnostih, si le-te del plačila za koncesijo, ki jim pripada, razdelijo skladno s pripadajočim deležem vodnega energetskega potenciala.
Način obračunavanja in plačevanja se podrobneje določi v koncesijski pogodbi.
Prihodki iz tretjega odstavka tega člena so vir občinskega proračuna in proračuna Republike Slovenije.