Nadzor se izvaja v skladu s predpisi za nadziranje namenskosti porabe proračunskih sredstev. V primeru, da se ugotovi, da se sredstva uporabljajo nenamensko, ministrstvo in naročniki ustavijo izplačevanje sredstev in odstopijo od pogodbe ter zahtevajo vrnitev vseh že izplačanih sredstev v realni vrednosti vključno z zakonitimi zamudnimi obrestmi.
V primeru, da pri izvajanju projekta pride do sprememb, je izvajalec dolžan v roku 15 dni o teh spremembah obvestiti spremljevalce projektov, sicer se šteje, da se sredstva uporabljajo nenamensko.