SIST ima sedemčlanski upravni odbor, ki ga sestavljajo: trije predstavniki ustanovitelja, dva predstavnika članov SIST, en predstavnik delavcev in predsednik SIST.
Predstavnike ustanovitelja imenuje Vlada Republike Slovenije. Mandat predstavnikov ustanovitelja je 4 leta od dneva imenovanja in so po izteku tega obdobja lahko vnovič imenovani.
Predstavnika članov SIST v upravni odbor imenuje skupščina izmed članov SIST za obdobje največ štirih let z možnostjo ponovne izvolitve. O predstavnikih članov SIST v upravnem odboru predstavniki ustanovitelja ne glasujejo.
Če članu SIST, ki je bil izvoljen v upravni odbor, preneha članstvo v SIST, mu s tem preneha tudi mandat v upravnem odboru.
Predstavnika delavcev SIST izvolijo delavci sekretariata SIST izmed zaposlenih z neposrednimi in tajnimi volitvami za obdobje največ štirih let z možnostjo ponovne izvolitve.