Zoper odločitev sveta agencije je mogoče vložiti pritožbo v 30 dneh od njene vročitve.
Pritožba se pošlje svetu agencije, o njej pa odloča pritožbena komisija.
Pritožbena komisija odloči o pritožbi v treh mesecih od vložitve popolne pritožbe. Če pritožbi ugodi, vrne zadevo svetu agencije v vnovično odločanje.
Odločitev pritožbene komisije se lahko izpodbija s tožbo v upravnem sporu.