Zakladniški podračun je vključen v sistem EZR in se odpre kot podračun enotnega zakladniškega računa. Prek zakladniškega podračuna minister za finance oziroma župan opravlja vse transakcije, povezane s prenosi prostih denarnih sredstev v sistemu EZR (v nadaljevanju: upravljanje z likvidnostjo v sistemu EZR) in nalaganjem prostih denarnih sredstev izven sistema EZR.
Prosta denarna sredstva so:
Vloga imetnika podračuna, ki je vključen v enotno upravljanje, na zakladniški podračun se šteje kot vezani denarni depozit banki.