Delo enote za varstvo pred neeksplodiranimi ubojnimi sredstvi organizira in vodi poveljnik enote, ki v skladu s predpisi odreja načine, postopke in metode dela, določa potrebno število pooblaščenih pripadnikov in drugih oseb, potrebnih za izvajanje nalog, določa posebne varstvene ukrepe, sodeluje s pristojnimi organi ter odgovarja za varnost ljudi in premoženja pri samem delu in prevozu.
Delo enote na terenu vodi poveljnik enote kot vodja intervencije. Ob odsotnosti poveljnika enote je vodja intervencije pripadnik enote v skladu z načrtom izvajanja varstva pred neeksplodiranimi ubojnimi sredstvi.