Določbe četrtega odstavka 23. člena, tretjega, četrtega in petega odstavka 24. člena, prvega do petega odstavka 26. člena, drugega odstavka 102. člena, osmega odstavka 132. člena, 135. člena, prvega odstavka 175. člena ter Prilogi I in II se začnejo uporabljati 1. januarja 2012.
Določbe 78. člena, 115.b člena, drugega in četrtega odstavka 163. člena, četrtega odstavka 164. člena, četrtega, petega, šestega in devetega odstavka 166. člena ter Prilogi III in XIII se začnejo uporabljati 1. julija 2012.
Določbe 70.b člena, sedmega, desetega in enajstega odstavka 105. člena, 128.a člena, 167. člena, 169. člena in drugega odstavka 181. člena se začnejo uporabljati 1. januarja 2013.
Do začetka uporabe določb iz prvega do tretjega odstavka tega člena se uporabljajo določbe Pravilnika o izvajanju Zakona o davku na dodano vrednost (Uradni list RS, št. 141/06, 52/07, 120/07, 21/08, 123/08, 105/09, 27/10, 104/10 in 110/10).