Koordinacija centrov načrtuje in Zdravstvenemu svetu predlaga doktrino ter preverja izvajanje doktrine zdravljenja odvisnosti od prepovedanih drog ter koordinira strokovno sodelovanje centrov za preprečevanje in zdravljenje odvisnosti od prepovedanih drog v Republiki Sloveniji.
Poleg nalog iz prejšnjega odstavka koordinacija centrov lahko predlaga Ministrstvu za zdravstvo organiziranje strokovnih izobraževanj ter ustreznim strokovnim združenjem predlaga kriterije za delo strokovnjakov v programih zdravljenja odvisnosti od prepovedanih drog. Poleg tega sodeluje pri pripravi strokovnih revij in drugih izobraževalnih gradiv ter verificira raziskovalne naloge, ki potekajo v centrih za preprečevanje in zdravljenje odvisnosti od prepovedanih drog v Republiki Sloveniji.
Koordinacija centrov sodeluje s Komisijo za nadzor nad delom centrov za preprečevanje in zdravljenje odvisnosti od prepovedanih drog in ji lahko predlaga redni ali izredni nadzor.