Namenska sredstva za delovanje visokošolske prijavno-informacijske službe zagotovi Ministrstvo za šolstvo in šport iz proračuna. Medsebojne pravice in obveznosti med univerzama in samostojnimi visokošolskimi zavodi ter Ministrstvom za šolstvo in šport se uredijo s pogodbo.
Visokošolska prijavno-informacijska služba deluje po pravilih, za katere se dogovorijo univerze in samostojni visokošolski zavodi.