Na podlagi dejstev, ugotovljenih v postopku, izda komisija odločbo.
V odločbi iz prejšnjega odstavka komisija opredeli tudi pravne posledice odpovedi pravici do ugovora vesti vojaški dolžnosti oziroma nadomestni civilni službi v skladu z zakonom.
Zoper odločbo komisije lahko vojaški obveznik v 15 dneh vloži pritožbo na komisijo Vlade Republike Slovenije za ugovor vesti vojaški dolžnosti.