Zavod opravlja dejavnost zdravstvenega zavarovanja z denarnimi sredstvi, ki jih zagotavljajo zavezanci s plačilom prispevka za obvezno zdravstveno zavarovanje, druge osebe s plačili odškodninskih zahtevkov, s povračilom stroškov po mednarodnih pogodbah o zagotavljanju zdravstvenega varstva, s plačilom dela, ki ga opravi za druge organizacije in iz drugih virov.
Zavod samostojno gospodari z zbranimi sredstvi in z njimi zagotavlja uveljavljanje pravic iz obveznega zdravstvenega zavarovanja ter uresničevanje funkcij za njegovo izvajanje.