Direktor opravlja poslovodno funkcijo in funkcijo vodenja strokovnega dela v Zavodu.
Za direktorja Zavoda je lahko imenovan, kdor izpolnjuje z zakonom določene pogoje, ima raven izobrazbe, določene v skladu s predpisom, ki ureja plače v javnem sektorju, in sicer 17001, 17002 ali 17003, ter ima deset let delovnih izkušenj, od tega najmanj pet let delovnih izkušenj na vodstvenih delih.
Direktor je imenovan za dobo štirih let in je lahko po poteku te dobe ponovno imenovan.
Naloge in pristojnosti direktorja Zavoda se podrobneje določijo v statutu Zavoda.