Presežek prihodkov nad odhodki Zavod uporablja za izvajanje in razvoj svoje dejavnosti, nabavo opreme, investicije in investicijsko vzdrževanje premoženja, s katerim upravlja Zavod. Presežek prihodkov nad odhodki iz tržne dejavnosti Zavod najprej nameni za pokrivanje stroškov dejavnosti javne službe.
Presežek prihodkov nad odhodki se ugotavlja ločeno za dejavnost javne službe in za tržno dejavnost.
O načinu razpolaganja s presežkom prihodkov nad odhodki odloča ustanovitelj.