Opravljanje nalog iz prejšnjih členov je organizirano v sektorjih in službi:
-
Sektor za izvajanje in nadzor programov,
-
Sektor za ekonomsko in socialno kohezijo,
-
Služba za splošne zadeve.
Izven sektorjev in službe deluje notranji revizor, ki je neposredno odgovoren direktorju.