Organ upravljanja inštituta je upravni odbor.
Upravni odbor inštituta šteje pet članov, od katerih imenuje:
-
dva člana Vlada Republike Slovenije (enega na predlog ministrstva, pristojnega za znanost, enega na predlog ministrstva, pristojnega za tehnologijo),
-
enega člana Ustanova primorska znanstvena fundacija,
-
enega člana izmed sebe volijo odgovorni nosilci raziskovalnih in razvojnih projektov,
-
enega člana izmed sebe volijo ostali raziskovalci in delavci uprave.
Predsednika upravnega odbora inštituta izvolijo člani upravnega odbora izmed sebe in ga predlagajo v imenovanje ministru, pristojnemu za znanost.